Чтобы PyCharm видел пакет установленным в системе, достаточно сделать следующее:
- в папке site-packages целевого интерпретатора python создать папку с именем "<package_name>-<maj.min.patch>.dist-info"
(например, PyQt5-5.4.0.dist-info) - в созданной папке создать пустой файл с именем "METADATA"